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Die Geschichte der Universität begann im siebenbürgischen Klausenburg. Dort wurde sie 1872 gegründet, verlegte aber ihren Sitz – nach der Abtretung Siebenbürgens an Rumänien, als Folge des Friedensvertrages nach dem Ende des Ersten Weltkrieges – nach einer zweijährigen Budapester Übergangsphase, 1821 in die südungarische Stadt an der Theiß.

Der Universitätsbetrieb wurde mit dem 1. Januar 2000 neu organisiert. 1999 verabschiedete das Parlament das Gesetz über die Integration der Hochschulen, und in Folge dessen entstand die Szegediner Universität der Wissenschaften, die nun die folgenden früheren Universitäten und Hochschulen umfasst: die József Attila Universität, die Szentgyörgyi Albert Medizinische Universität, die Juhász Gyula Pädagogische Hochschule, die Szegediner Fachhochschule für Lebensmittelindustrie, die Fachhochschule für Landwirtschaft in Hódmezövásárhely und das Konservatorium. So besteht die Universität zur Zeit aus 10 Fakultäten, den juristischen, geisteswissenschaftlichen, naturwissenschaftlichen, wirtschaftswissenschaftlichen, medizinischen und pharmakologischen Universitätsfakultäten und den Hochschulfakultäten für Gesundheitswesen, Lehrerausbildung, Landwirtschaft und Lebensmittelindustrie.

Eine fremdsprachige Ausbildung läuft unter anderem an den medizinischen und pharmakologischen Fakultäten in englischer und deutscher Sprache und an der juristischen Fakultät in französischer und deutscher Sprache.